Im obersten Stockwerk sind die Büroräume des Zaubereiministers und diejenigen seiner engsten Mitarbeiter. Welche Büros für die aktuellen Aufgabenbereiche gebraucht werden, bestimmt der gerade amtierende Minister.

Im 2. Stock befindet sich die größte der Ministeriumsabteilungen, die Abteilung für Magische Strafverfolgung. Dieser Abteilung sind alle anderen Abteilungen untergeordnet (mit Ausnahme der Mysteriumsabteilung).

Bekannt sind in dieser Abteilung

Die Aurorenzentrale
Die Magische Strafverfolgungspatrouille
der Zaubergamot-Verwaltungsdienst
das Büro gegen den Missbrauch der Magie
das Büro gegen den Missbrauch von Muggelartefakten.

Zu der Abteilung für Magische Unfälle und Katastrophen im 3. Stock gehören

das Magische Unfallumkehr-Kommando
die Vergissmich-Zentrale
das Komitee für muggelgerechte Entschuldigungen.

Die Abteilung zur Führung und Aufsicht Magischer Geschöpfe im 4. Stock besteht aus den Behörden für Tierwesen, Zauberwesen und Geister. Bekannte Einrichtungen dort sind

in der Tierwesenbehörde:
das Seuchenberatungsbüro
der Ausschuss für die Beseitigung gefährlicher Geschöpfe
Das Werwolf-Register
Das Werwolf-Fangkommando
Eine Ghul-Beseitigungseinheit
in der Zauberwesenbehörde:
das Amt für die Neuzuteilung von Hauselfen
das Koboldverbindungsbüro
das Werwolf-Unterstützungsamt
das Zentauren-Verbindungsbüro
Die Geisterbehörde hat soweit bekannt keine Einzelbüros mit besonderen Arbeitsbereichen

Im 5. Stock befinden sich die Büros der Abteilung für Internationale Magische Zusammenarbeit. Bekannt sind:

das Büro des Internationalen Magischen Handelstandardausschuss
das Internationale Büro für Magisches Recht
das Kontaktbüro der Internationalen Zauberervereinigung.

Im 6. Stock sind alle Büros der Abteilung für Magisches Transportwesen, die sich mit den magischen Verkehrsmitteln befassen.

Genannt werden:

die Flohnetzwerkaufsicht
das Besenregulations-Kontrollamt
das Portschlüssel-Büro
das Appariertestzentrum

Im 7. Stock befinden sich die Büros der Abteilung für Magische Spiele und Sportarten

Bekannte Stellen sind:

die Zentrale der Britischen und Irischen Quidditch-Liga
der Offizielle Koboldstein-Klub
Das Büro für Lächerliche Patente

Im 8. Stock ist das Atrium, also der Ein- und Ausgang des Zaubereiministeriums. Nicht nur der Besucher-Lift kommt in der blau-goldenen Halle an. Entlang beider Seitenwände sind etliche offene Kamine für die Beschäftigten und Besucher, die mit dem Flohnetzwerk an und abreisen. Wer das Ministerium nur besucht, muss zunächst zum Tisch des Sicherheitsbeauftragten, um dort seinen Zauberstab registrieren zu lassen.

Das auffällige Kunstwerk mitten in der Halle repräsentiert die Herrschaft des Zaubereiministeriums und verändert sich entsprechend im Verlauf der berichteten Ereignisse: Zunächst ist dort der oben beschriebene Springbrunnen mit den Goldfiguren, in dessen Becken etliche der Besuchenden Münzen als Spenden für das St.-Mungo-Hospital werfen.

Im 9. Stock, also von der Eingangshalle aus einen Stock tiefer, ist die Mysteriumsabteilung.

Sie ist die geheimnisvollste der Ministeriumsabteilungen, über die keiner im Ministerium etwas sagen kann. Denn wer nicht selbst dort beschäftigt ist, weiß nichts über die Arbeit dieser Abteilung.

Der 10. Stock ist nicht mit dem Lift, sondern lediglich über eine Treppe vom 9. Stock aus erreichbar. Dort ist u.a. der sehr selten genutzte alte Gerichtssaal des Obersten Gerichts der Zauberer, des Zaubergamots.